Тогда она подчинялась ОСВОД, и называлась «главная навигационная техническая инспекция». Спустя 10 лет, в 1983-м, тогдашняя ГНТИ была выведена из подчинения ОСВОД и передана в Министерство ЖКХ, получив при этом свое современное название.
В 1997-м году ГИМС снова была передана в ведение общества спасения на водах и находилась в его подчинении до июля 2013-го. Ровно четыре года назад «водный патруль» перешел под руководство Министерства по чрезвычайным ситуациям, не утратив при этом своей главной задачи – контроль за безопасностью судоходства на белорусских реках и озерах.